随着经济全球化的深入和科技进步的发展，知识产权制度作为鼓励和保护创新、促进经济社会发展的基本法律制度，地位越来越重要，作用越来越突出。知识产权保护作为知识产权制度的关键环节，对知识产权制度作用的发挥起着至关重要的作用。温家宝总理曾指出，保护知识产权就是保护生产力。我国在建立知识产权制度之初，建立了行政和司法两条途径保护知识产权的模式，二十多年的实践证明，这一模式是符合我国国情的，是行之有效的。
一、知识产权行政执法符合政府职能转变的方向
市场经济条件下，政府将不再直接控制企业，控制项目，它提供的是良好的社会环境、市场环境，遵循的原则是依法行政。依法行政具体体现在两个方面，一是抽象的行政行为，即制定规章制度与政策，并尽可能使政策规范化制度化；二是行政执法，即具体的行政行为，包括依法裁决相对人之间的争端，迅速化解各类社会矛盾，查处违法行为，保护守法者的正当利益，维护和谐稳定的社会秩序与诚信的市场秩序。所以，从长远来看，加强和完善行政执法是完善社会主义市场经济体制、规范市场秩序和建立诚信社会的需要。
当前，我国的社会主义市场经济体制尚不完善，保障市场经济有效运行的机制尚不健全，市场主体法律意识和法律能力不足，“有法难依”、“违法难究”的现象还大量存在，在这种形势下，加强和完善行政执法更是我国经济社会发展的必然选择。党的“十五大”提出“加强执法和司法队伍建设”、“加强执法监管部门”，“十六大”提出“完善政府的经济调节、市场监管、社会管理和公共服务的职能”，因此，行政执法作为市场监管和社会管理的重要手段，从近期和长远来看，都应该进一步加强。
党和国家领导人历来十分重视知识产权保护，多次作出重要指示，强调了行政执法的重要性。2006年1月，胡锦涛总书记在全国科技大会上的讲话中指出：“要加大对知识产权保护的力度，完善国家知识产权制度，健全知识产权保护的法律体系，加强知识产权保护的司法和执法工作，依法严厉打击侵犯知识产权的各种行为。” 2006年4月，温家宝总理在参观中国保护知识产权成果展时强调，中国将采取四项重要措施，以形成一个比较完整的保护知识产权体系，“第一、加强执法，依法保护知识产权；第二、加强行政监管，经常地开展专项保护知识产权的行动；第三、加强国际合作，同世界各国密切配合共同打击侵权行为；第四、加强全民教育，在全社会形成保护知识产权的氛围。”
二、知识产权行政执法符合国际普遍做法
在借鉴外国知识产权保护经验时，以我国知识产权保护的体系跟某国的保护体系进行整体对比才是科学的，只针对保护体系的某一环节或某一方面进行对比是难免偏颇的。
法国、德国、日本目前没有关于通过专门行政部门获得损害赔偿的法律规定，但这三个国家都规定了关于针对专利侵权的刑事救济，即刑事责任，专利权人可以请求警察这一行政部门调查专利侵权的刑事责任问题。而且，其刑事救济没有门槛，实际上包括了我国的行政查处。这些国家的海关可以提供禁令救济，而且还有在海关以内地区查处知识产权侵权货物的权力。我国香港海关的知识产权执法人员有数百人，他们在整个香港地区都有查处知识产权侵权货物的职责。
根据英国专利法的规定，英国专利局对专利侵权问题有法定的管辖权，以减少当事人的时间与费用，其前提是，当事人约定同意向英国专利局就专利侵权纠纷提出请求，英国专利局可就是否构成侵权、损害赔偿及有关开支费用等做出决定。
在美国，联邦贸易委员会（FTC）可以发布禁止商业中的不正当竞争方法的禁令。如果当事人认为某一专利侵权属于这类不正当竞争方法，可以向联邦贸易委员会（FTC）起诉。根据有关法律规定，美国国际贸易委员会(ITC)可禁止包括了不正当的竞争行为和方法的产品向美国进口，如果这种进口会对某一项在美国的产业造成实际上的损害。根据有关案例，上述的不正当竞争行为和方法中包括了专利侵权。在美国，专利侵权损害赔偿非常高，可以达到侵权行为所造成专利权人损失的三倍，当专利权人的损失难以计算时也会本着不利于侵权人的原则解决。早在十九世纪，美国就确定了赔偿不只是为了补偿损害，也是为了惩罚和预防违法行为。
在墨西哥，工业产权执法部门可以依法查处专利侵权行为，一旦发现专利侵权产品，可以查封、扣押这些产品，可以在处理侵权案件中做出以下决定：对侵权人予以罚款;勒令侵权企业暂时或永久关闭；拘留侵权人至36个小时。当事人不服上述裁决的，可以向联邦法院起诉。专利权人如发现自己的专利权被严重侵害，可以向联邦检察官提出刑事诉讼。联邦检察官在调查中将征询工业产权执法部门的意见。
在菲律宾，知识产权行政执法部门可以调查、处罚侵犯专利权的行为，可以颁布停止专利侵权的禁令，并就损害赔偿作出决定，并有权扣押，没收、处置侵权产品或要求侵权人提供担保，必要时处以行政罚款。
很多国家都有知识产权行政执法，这里不一一列举了。
从国际规则来看，世界贸易组织《与贸易有关的知识产权协议》（Trips）的救济程序中专门规定了行政程序，涉及的条文多达二十条（Trips第四十一条至第六十一条）。
三、行政机关介入知识产权侵权纠纷有其现实性和必要性
依照三权分立的学说，在三权分立的国家，一般来说，立法权、司法权、行政权各行其道，互相制衡，或者说三权分立的理论基础就是互相制衡，但恰恰是实行三权分立的美国、英国、菲律宾、墨西哥等国，都早于中国设立了专利侵权救济行政途径，且有强化的趋势。这足以证明行政执法不会影响三权分立，也不会动摇相互制衡的基础。此外，二战后，以美国为代表的国家，三权分立的界限较以往更加模糊，一些行政机构如美国国际贸易委员会（ITC）行政裁决的权力逐步增大，而这些做法恰恰促进了其经济、科技、文化的发展。从法律上讲，行政权也是由行政立法、行政裁决、行政监督、行政处罚权等组成的。司法权、行政权之间应有制约、监督机制，所以我国专利法规定，任何涉及专利保护的行政决定，都有可诉性。
无救济则无权利。行政救济途径为知识产权这种私权多提供了一种有效的保护方式。
一般来说，对于有形财产，只要所有人尽到一定的注意义务，很容易避免权利侵害。但知识产权作为一种法律创设的权利，具有公开性、无形性、可复制性的特点，权利极易受到侵害；而且由于知识产权的这些特性，有关涉案证据难以收集；由于知识产权的复杂性，处理此类案件对法律、技术知识要求比较高。从这个意义上讲，跟有形财产相比，知识产权对行政保护有着更大的需求，更应该加强知识产权行政执法。这是发展知识经济，建设创新型国家过程要特别注意解决的问题。胡总书记、温总理对加强知识产权执法有过一系列指示，中央有关会议与文件做出了一系列相关决策。
四、行政保护与司法保护是相辅相成的关系
一个案件一开始就进入司法程序与经过行政程序之后进入司法程序有着本质的区别，前者属于民事诉讼，后者属于行政诉讼，民事诉讼跟行政诉讼审理的客体、程序和原则是不相同的。知识产权案件经过行政程序之后进入司法程序，这是对行政决定进行的司法审查。这有利于促进依法行政，是依法治国方略的当然之义。知识产权行政执法与司法保护是相辅相成的关系，两者相互补充、相互促进。
从根本上来讲，知识产权执法保护，作为上层建筑，是由经济基础，最终是由生产力决定的。当前，由于信息技术的高度发展，知识产权制度的信息传播功能与权利保护功能两大功能失去平衡，知识产权侵权更加容易，侵权的水平与速度在提高，所以，各国都在采取行政执法等司法保护之外的途径加强知识产权保护。
目前，我国知识产权行政执法确实存在这样那样的问题，对于这些问题，应该通过加强和完善知识产权行政执法来解决。为此提出以下建议，一是为知识产权行政执法部门提供必要的法律依据，增加执法部门在处理专利侵权纠纷、查处冒充专利、假冒他人专利行为中的查封、扣押等执法手段，赋予执法部门对专利侵权赔偿额做出处理决定的权力；二是增加对严重的专利侵权行为的刑事制裁；三是在对侵权行为的法律制裁上明确区分故意侵权和非故意侵权；四是充实知识产权执法队伍，增加投入。